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★国家级科研机构

    水文水资源与水利工程科学国家重点实验室

    水资源高效利用与工程安全国家工程研究中心

★省部级科研机构

    浅水湖泊综合治理与资源开发教育部重点实验室

    海岸灾害及防护教育部重点实验室

    岩土力学与堤坝工程教育部重点实验室

    南方地区高效灌排与农业水土环境教育部重点实验室

    水利水电工程安全教育部工程研究中心

    疏浚技术教育部工程研究中心

    可再生能源发电技术教育部工程研究中心

    江苏省交通基础技术工程研究中心

    江苏省岩土工程技术工程研究中心

    江苏省循环经济工程中心

    江苏省水灾害监控与决策支持系统工程中心

    东部资源环境与持续发展研究中心

    江苏省输配电装备技术重点实验室

    江苏省大型工程地基基础稳定性与安全监控工程技术研究中心

    江苏省建筑物裂缝控制工程技术研究中心

    水利经济研究所

    水利部水工金属结构安全检测中心

    水利部水库移民经济研究中心

    水利部人力资源研究院

    水利政策法制研究与培训中心

    江苏省水资源与可持续发展研究中心

    江苏企业国际化发展研究基地—江苏省决策咨询基地

    教育部城市环境与可持续发展联合研究中心

    水利部水力发电工程重点实验室

    水利部结构力学与水工结构工程重点实验室

    水利部岩土工程重点实验室

    水利部机电控制及自动化重点实验室

    水利部河口海岸工程重点实验室

    水利部节水园区

★国际合作科研机构

    中德水资源研究所

    中港水利建设3S技术应用联合实验室

    中-荷环境岩土工程合作研究中心

    中加瞬变流仿真与控制研究中心

    中德海岸工程研究所

    中美全球变化与水循环联合研究中心 

    中荷水研究中心

★市级科研机构

    南京市土工合成材料工程研究中心

    常州市数字化制造技术重点实验室

    常州市输配电及节电技术重点实验室

    州市传感网与环境感知重点实验室

    南通乐宝娱乐海洋与近海工程研究院

★校内主要研究机构

新材料新能源研究开发院

高等教育研究所

水文预报研究所

工程水文及水文气象研究所

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